工程质量保证金预留比例规定不得高于工程价款结算总额的3%。根据《建设工程质量保证金管理暂行办法》第七条，发包人需按合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不能超过工程价款结算总额的3%。在工程项目竣工前，若已缴纳履约保证金，则发包人不得同时预留工程质量保证金。采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式时，发包人同样不得再预留保证金。第七条同样强调，发包人应采用合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例最高不超过工程价款结算总额的3%。如合同约定由承包人提供银行保函替代预留保证金，保函金额不得超过工程价款结算总额的3%。